Lê Chất là người mới về hàng sau này, mà lại được tước Quận công lại đeo ấn Bình Tây tướng quân, khiến nhiều tướng khác thấy không phục. Lũ Đặng Trần Thường thường bàn riêng với nhau rằng[2]

Chất mà bình Tây thì ai bình Chất, Chất mà Quận công ta nên mười Quận công.

Lê Chất cảm thấy không yên lòng mới dâng biểu nói rằng

Tôi bất tài mới quy phụ, ví với các quan lao khổ vạn phần, tài không kịp một phần, đã tước Quận công, lại chưởng Hậu quân, lạm ở cao quý không dám tự đương, xin xuống đứng cùng hàng với Đô thống chế.

Vương ra lời yên ủy, vẫn cho giữ chức cũ, lại cho thêm mẹ Chất mỗi tháng 40 phương gạo. Năm Gia Long thứ 2 (1803), Lê Chất cùng với Nguyễn Văn Khiêm, Phạm Văn Nhân đốc suất việc xây dựng Hoàng thành Huế[9].

Tháng 8, ông theo hầu Nguyễn Vương ra tuần thú Bắc Thành. Khi đến Thanh Hoa thì nghe tin Quảng Yên có giặc biển. Bắc Thành Tổng trấn Nguyễn Văn Thành đem việc tâu lên, Vương sai Chất cùng Nguyễn Văn Trương đi trước đánh giặc, Chất nói với Trương rằng địa phương có giặc là phận sự của quan địa phương, mà nay Nguyễn Văn Thành đem giặc đưa cho ta, tướng quân sao không nói rõ (với Vương thượng), Trương nói rằng tạm đợi việc xong, nói cũng chưa muộn gì. Khi Trương đến Quảng Yên, thì giặc đã trốn trước, bèn cùng uống rượu với Thành, đem lời Chất nói ra, vì thế Thành đem lòng giận Chất.

Năm 1804, nhân việc ban giao với phương Bắc đã ổn định, Nguyễn vương ban yến cho quần thần, triệu Chất đến hỏi việc năm trước, và đứng ra hòa giải cho ba người. Cùng năm ấy, Chất cùng Vương trở về Huế, xây dựng cung điện, xây đắp hoàng thành, tu lý các lăng, Chất cùng các đại thần chia nhau đốc suất làm các việc ấy. Chất cùng Duyệt vốn tốt với nhau, thường đi lại bàn bạc, có Nguyễn Văn Tài làm tướng dưới quyền Duyệt, mật tâu Duyệt cùng Chất âm mưu làm phản, triều đình xét thấy là vu cáo, và Nguyễn Văn Tài bị xử chết[2].

Năm 1806, Vương lên ngôi Hoàng đế, tức là Thế Tổ Cao hoàng đế. Năm 1810, Tổng trấn Bắc Thành là Nguyễn Văn Thành xin nghỉ chịu tang mẹ, vua cho Nguyễn Huỳnh Đức lên thay, để Lê Chất làm Hiệp Tổng trấn, Phạm Như Đăng làm Tham hiệp tổng trấn. Lại dụ bảo rằng[2]

Trong trấn cõi Bắc, đều ủy cho các ngươi, các ngươi nên gia tâm vỗ yên, dẹp giặc, yên dân cho xứng ý trẫm. Tự phó tướng trở xuống ai trái luật đều được tiện nghi làm việc rồi sau tâu lên.

Năm 1811, ở Bắc Thành có bọn giặc là Đặng Trần Siêu, Vũ Đình Lục họp đảng hơn 1000 người thường đi cướp bóc, Lê Chất phát quân đi đánh, sai Cai cơ Ngô Văn Tiến làm quân tiền du, quân đến xã Yên Vỹ gặp quân phục, Tiến bỏ chạy trước, Chất đem chém Tiến để răn quân sĩ, lại sai Trấn thủ Sơn Nam hạ là Nguyễn Văn Xuân tiến quân đến xã Thức Cốc đánh phá tan được quân giặc. Năm sau, bọn Siêu lại hội họp ở Sơn Âm, cướp bóc các huyện Tống Sơn, Phụng Hóa, Chất đi kinh lược Thanh Bình (sau là Ninh Bình), đi đến dâu bọn giặc vỡ tan. Chất đóng quân ở xã Mai Vy chiêu tập thổ mục, tuyên thị uy đức triều đình, sai chư quân đóng chỗ yếu hại đặt đồn phòng bị, lại đặt thêm đồn Chi Nê để chẹn đường giặc đi, từ đó quân cướp tan vỡ[2].

Năm 1813, triều đình lập ra cục Bảo tuyển, Chất được kiêm lĩnh Giám đốc. Trong năm đó, Đặng Trần Thường bị nghị tội, Lê Chất vì hiềm khích lúc trước, mới bới những việc sai phạm của Thường như khi ra coi tàu binh ở Bắc Thành, có giấu thuế đầm ao và dinh điền[10]. Thường lại bị bắt giam. Trong ngục, Trần Thường tỏ ý mỉa mai, đến tai đình thần, nên khi kết án, đình thần xử tội giảo[2].